进一步全面深化改革是一场深刻而全面的社会变革，是一项复杂的系统工程，涉及经济、政治、文化、社会、生态等多个领域，各领域之间相互制约，改革目标相互联系，改革举措相互影响。要坚持系统集成的方向、细化系统集成的方式方法，整体谋划、系统布局，发挥各项改革措施的联动效应和整体效能，使各方面改革相互配合、协同高效。
增强改革协同性。要加强政策沟通和协调，打通体制机制壁垒，增强改革的适配性，打破自家“一亩三分地”的思维定式，心往一处想、劲往一处使，不能各行其是、相互掣肘，更不能从部门、地域、行业局部利益出发搞变通、搞选择性执行。进一步全面深化改革不是推进一个领域改革，也不是推进几个领域改革，而是推进所有领域改革。各项改革举措关联度高、协同性强，贯彻落实中既不能单打独斗、单兵突进，又不能打乱仗、眉毛胡子一把抓。要坚持立足实际和科学理性原则，先立后破、不立不破，准确把握改革的战略重点，既抓改革方案协同，也抓改革落实协同，更抓改革效果协同，明确改革举措的先后顺序、节奏时机，促进各项改革举措在政策取向上相互配合、在实施过程中相互促进、在改革成效上相得益彰。
进一步全面深化改革进入“啃硬骨头”的深水区，涉及问题之多、领域之广、矛盾之深前所未有。面对改革的复杂形势和繁重任务，要既抓重要领域、重要任务，又抓关键主体、关键环节，既抓主要矛盾，又抓矛盾的主要方面大劫难，在整体推进中实现重点突破，以重点突破带动经济社会发展水平整体跃升，实现整体推进和重点突破相统一。
深化体制机制改革。进一步全面深化改革的举措大多涉及体制、机制、制度层面的内容，有的是对过去改革举措的完善和提升，有的是根据新的实践需要和试点探索提出的新举措。要扭住体制机制改革这个重点，找准进一步全面深化改革的发力点，不断健全已有制度，推进制度创新、填补制度空白，固根基、扬优势、补短板、强弱项，为中国式现代化提供强大制度保障。
突出战略性、全局性重大改革。《决定》提出的重大改革举措瞄准的是党和国家事业发展最需要、经济社会发展最紧迫的问题，直指当前改革发展中最需要解决的卡点堵点大劫难，是深化改革的主攻方向和重点任务。比如，教育、科技、人才是中国式现代化的基础性、战略性支撑，《决定》对统筹推进教育科技人才体制机制一体改革作出重要部署。在进一步全面深化改革中，要牢牢把握战略性、全局性重大改革这个重点，深入实施科教兴国战略、人才强国战略、创新驱动发展战略，强化教育、科技、人才的基础性、战略性支撑作用，完善相关制度安排，健全新型举国体制，提升国家创新体系整体效能。
发挥经济体制改革牵引作用。经济体制改革是进一步全面深化改革的重点，对其他方面改革具有重要影响和传导作用，重大经济体制改革的进度决定着其他很多方面体制改革的进度，具有牵一发而动全身的作用。经济体制改革的核心问题是处理好政府和市场的关系。《决定》强调，构建高水平社会主义市场经济体制，必须更好发挥市场机制作用，创造更加公平、更有活力的市场环境大劫难，实现资源配置效率最优化和效益最大化。当前，制约高质量发展的体制机制障碍不少仍然集中在经济领域，牵住经济体制改革这个“牛鼻子”，就能更好促进其他领域深层次矛盾的化解。要抓住经济体制改革这个有力抓手，构建高水平社会主义市场经济体制，带动其他方面改革相应推进，进一步解放和发展社会生产力、增强社会活力大劫难，推动生产关系和生产力、上层建筑和经济基础更好相适应，为推动高质量发展、推进中国式现代化持续注入强劲动力。
科学制定改革方案。准确把握《决定》提出的各项改革任务的根本目的和本质要求，坚持因地制宜、因时制宜，研究制定符合自身实际的改革落实方案大劫难，既加强政策措施衔接，又创造性开展工作，使改革举措精准管用，具有可行性、可操作性和实效性。明确各项改革的时间表、路线图，明确实施主体和责任，推动责任主体知责明责、守责尽责、各负其责。
大兴调查研究。制定和落实改革方案，要走好新时代党的群众路线，聚焦改革发展的痛点难点，深入实践、了解实际，“身入”基层，“心到”基层，融入人民群众的生活中，了解人民群众的所困、所思、所感，听真话、察真情，找准问题、分析问题、解决问题，积极回应百姓关切。把顶层设计同基层探索有机结合起来，允许和鼓励不同地区因地制宜探索，创造和推广一批能够产生改革实效的改革措施和改革方案。