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然而，案件尚未进入实体审判程序，壳牌公司就向法院提出了管辖权异议。原来，双方合作之初，曾在签订的《经销商协议》中约定，“因本协议引起的任何争议应提交壳牌和经销商的高级管理层，双方高管应会面解决上述争议。争议无法得到解决时，双方同意将争议不可撤销地提交给北京的中国国际经济贸易仲裁委员会”。壳牌公司据此认定，该案不属于法院受理范围。
“这是一个典型的垄断纠纷管辖争议：一方面，从合同约定角度看，双方当事人协议选择仲裁，排除了法院的管辖权；另一方面，案件涉及的是否构成滥用市场支配地位实体争议，已经超出双方协议约定进行仲裁的范围，法院具有管辖权。”最高检知产办办案人员向记者解释，关键在于如何认定垄断纠纷案件中当事人可否通过协议约定的仲裁条款排除法院的管辖并且明确此类案件的裁判规则。
怎样落实好党中央的要求？在获取相关案件线索后，最高检知产办对最高法和地方法院审理的类似案件进行了筛选分析，发现法院对此类案件存在裁判标准不一致的现象。“最高法审理的其他案件均认为，不能因当事人之间的仲裁条款而排除法院的管辖权。”办案人员说，“只有昌林公司诉壳牌案的二审、再审裁定排除了法院管辖权。”
启动民事监督程序后，检察机关通过走访国家反垄断局、与仲裁机构进行座谈、召开专家咨询会等形式，听取了多方意见，认为结合我国仲裁法及反垄断法的相关规定，此案有关垄断行为的认定问题已涉及公共利益及消费者利益，超出当事人之间的《经销商协议》约定的纠纷范围，《经销商协议》中约定的仲裁条款不能当然地排除法院管辖。