但随着业绩下滑，九芝堂的内控问题开始暴露。2024 年 4 月，监管部门对九芝堂时任董事长李振国等人出具了警示函。据湖南证监局调查，九芝堂存在两项违规事项。首先，九芝堂子公司牡丹江博搏医药有限责任公司在 2022 年至 2024 年期间，使用非公司银行账户收取疏血通注射液销售代理权保证金。具体而言，2022 年收取保证金 4920 万元，2024 年收取 670 万元。
其次，上述收取保证金的非公司银行账户中存在部分资金被第三方间接借出给公司控股股东、实际控制人、董事长李振国的情况，构成了关联方非经营性资金占用。具体而言，2022 年 3 月至 9 月，存在非经营性资金占用 3000 万元；2022 年 9 月至 10 月，资金占用增至 4500 万元；2022 年 10 月至 2024 年 3 月，资金占用额为 3700 万元。截至 2024 年 4 月 25 日，上述资金占用已消除，占用资金按照 3% 的利率产生的利息 215.78 万元已偿还至博搏医药。
海通证券研报指出，医药国企改革重点关注中药、血制品和流通板块。国企在中药上市公司中占据重要地位，21 家 A 股中药上市公司实控人为国资背景，数量占比为 30%(剔除 ST 或 ST*)。2023 年，其营业收入占比为 63%，归母净利润占比为 61%，市值占比为 60%。中药国企的收入体量与盈利能力在行业中均占据绝对优势。
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